海关对保税工厂及其进出货物的管理制度统称保税工厂制度。

在我国，对保税工厂规定的主要内容有:

(1)保税范围

保税工厂为外商加工、装配成品和为制造出口产品而进口的原材料、元器件、零部件、配套件、辅料、包装物料以及加工过程中直接消耗的数量合理的化学物品，准予缓办进口纳税手续，加工后产品出口，按实际加工出口成品所耗用的进口料、件免征关税及增值税，即保税工厂进口的料件可享受全额保税的优惠，待加工成品出口后按实际耗用的进口料、件免税。

(2)建厂制度

建立保税工厂必须具有专门加工、制造出口产品的设施，拥有专门贮存、堆放进口货物和出口成品的仓库，建立专门记录出口产品生产、销售、库存等情况的账册以及有专人负责管理保税货物和保税仓库及有关账册。凡经国家批准有权经营进出口业务的企业或具有法人资格的承接进口料、件加工复出口的出口生产企业，均可向主管地海关申请建立保税工厂。经海关实地调查认定具备建厂条件予以批准后，发给《加工贸易保税工厂登记证书》。

(3)出入厂制度

保税工厂进口料、件和出口成品时，由经营人或其代理人填写专用进出口货物保管单一式四份，并在右上角加盖“保税工厂货物”戳记，随附有关单证和来料加工或进料加工登记手册，向进出境地海关报关。经海关审核后，将其中一份寄送主管海关，另一份由海关签印后，退回申报人交保税工厂留存备查。保税工厂进口的料、件的登记备案和核销根据贸易性质而定，分别按来料加工或进料加工料件管理的有关规定办理。